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| 分類 | No | （全数把握） 対象疾患名 | 届出時期 |
１類感染症 |
1 | エボラ出血熱 | 診断後 直ちに |
| 2 | クリミア・コンゴ出血熱 | ||
| 3 | 痘そう | ||
| 4 | 南米出血熱 | ||
| 5 | ペスト | ||
| 6 | マールブルグ病 | ||
| 7 | ラッサ熱 | ||
２類感染症 |
1 | 急性灰白髄炎 | 診断後 直ちに |
| 2 | 結核 | ||
| 3 | ジフテリア | ||
| 4 | 重症急性呼吸器症候群 (病原体がベータコロナウイルス属SARSコロナウイルスであるものに限る） |
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| 5 | 中東呼吸器症候群 (病原体がベータコロナウイルス属MERSコロナウイルスであるものに限る） |
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| 6 | 鳥インフルエンザ(H5N1) | ||
| 7 | 鳥インフルエンザ(H7N9) | ||
３類感染症 |
1 | コレラ | 診断後 直ちに |
| 2 | 細菌性赤痢 | ||
| 3 | 腸管出血性大腸菌感染症 | ||
| 4 | 腸チフス | ||
| 5 | パラチフス | ||
４類感染症 |
1 | Ｅ型肝炎 | 診断後 直ちに |
| 2 | ウエストナイル熱 | ||
| 3 | Ａ型肝炎 (H26年5月改正) | ||
| 4 | エキノコックス症 | ||
| 5 | 黄熱 | ||
| 6 | オウム病 | ||
| 7 | オムスク出血熱 | ||
| 8 | 回帰熱 | ||
| 9 | キャサヌル森林病 | ||
| 10 | Q熱 | ||
| 11 | 狂犬病 | ||
| 12 | コクシジオイデス症 | ||
| 13 | サル痘 | ||
| 14 | ジカウイルス感染症 | ||
| 15 | 重症熱性血小板減少症候群 (病原体がフレボウイルス属SFTSウイルスであるものに限る） |
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| 16 | 腎症候性出血熱 | ||
| 17 | 西部ウマ脳炎 | ||
| 18 | ダニ媒介脳炎 | ||
| 19 | 炭疽 | ||
| 20 | チクングニア熱 | ||
| 21 | つつが虫病 | ||
| 22 | デング熱 | ||
| 23 | 東部ウマ脳炎 | ||
| 24 | 鳥インフルエンザ(H5N1及びH7N9を除く) | ||
| 25 | ニパウイルス感染症 | ||
| 26 | 日本紅斑熱 | ||
| 27 | 日本脳炎 | ||
| 28 | ハンタウイルス肺症候群 | ||
| 29 | Ｂウイルス病 | ||
| 30 | 鼻疽 | ||
| 31 | ブルセラ症 | ||
| 32 | ベネズエラウマ脳炎 | ||
| 33 | ヘンドラウイルス感染症 | ||
| 34 | 発しんチフス | ||
| 35 | ボツリヌス症 | ||
| 36 | マラリア | ||
| 37 | 野兎病 | ||
| 38 | ライム病 | ||
| 39 | リッサウイルス感染症 | ||
| 40 | リフトバレー熱 | ||
| 41 | 類鼻疽 | ||
| 42 | レジオネラ症 | ||
| 43 | レプトスピラ症 | ||
| 44 | ロッキー山紅斑熱 | ||
５類感染症 |
1 | アメーバ赤痢 | 診断後 7日以内 |
| 2 | ウイルス性肝炎（Ｅ型肝炎及びＡ型肝炎を除く） | ||
| 3 | カルバペネム耐性腸内細菌科細菌感染症 |
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| 4 | 急性弛緩性麻痺（急性灰白髄炎を除く）(H30年5月改正) | ||
| 5 | 急性脳炎（ウエストナイル脳炎、西部ウマ脳炎、ダニ媒介性脳炎、東部ウマ脳炎、日本脳炎、ベネズエラウマ脳炎及びリフトバレー熱を除く） | ||
| 6 | クリプトスポリジウム症 | ||
| 7 | クロイツフェルト・ヤコブ病 | ||
| 8 | 劇症型溶血性レンサ球菌感染症 | ||
| 9 | 後天性免疫不全症候群（H31年1月改正） | ||
| 10 | ジアルジア症 | ||
| 11 | 侵襲性インフルエンザ菌感染症 | ||
| 12 | 侵襲性髄膜炎菌感染症 | 診断後 直ちに |
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| 13 | 侵襲性肺炎球菌感染症 | 診断後 7日以内 |
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| 14 | 水痘（入院例に限る） | ||
| 15 | 先天性風しん症候群 | ||
| 16 | 梅毒（H31年1月改正） | ||
| 17 | 播種性クリプトコックス症 | 18 | 破傷風 |
| 19 | バンコマイシン耐性黄色ブドウ球菌感染症 | ||
| 20 | バンコマイシン耐性腸球菌感染症 | ||
| 21 | 百日咳（H30年1月改正） | ||
| 22 | 風しん（H30年1月改正） | 診断後 直ちに |
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| 23 | 麻しん | ||
| 24 | 薬剤耐性アシネトバクター感染症 | 診断後 7日以内 |
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